Muy probablemente se deba a causas genéticas. En los últimos tiempos se está investigando mucho, extendiendo el campo de la investigación a temas como la contaminación ambiental, los pesticidas, o los plasticos.
Enlazamos aquí un artículo de autismodiario.org que parece bastante interesante:
http://autismodiario.org/2011/06/26/causas-del-autismo-despejando-incognitas/